
第一行:STEVE GSCHMEISSNER/SPL。
第二行:左边-THOMAS DEERINCK, NCMIR/SPL;中间和右边-STEVE GSCHMEISSNER/SPL.。
第三行:左边-STEVE GSCHMEISSNER/SPL;中间-ALAIN POL, ISM/SPL;右边-MEDIMAGE/SPL。
虽然科学家们比以往任何时候都更了解细胞的差异,但他们仍然抵制简单的分组。
2013年,基因组生物学家Jason Buenrostro清楚地认识到细胞类型的问题。他正在研究一种来源于癌症患者的细胞系,试图找出DNA在细胞核中的排列方式。他认为,这些细胞应该几乎完全相同。
据当时还在加州斯坦福大学(Stanford University)做研究生的Buenrostro回忆,随着对DNA的了解加深,他逐渐发现DNA的包装方式有很多种,甚至有数百种类型。
这项研究和其它研究促使他得出结论:“每个细胞都是一片特殊的‘雪花’”。这一结论使得他研究一些癌细胞如何对(duì)药(yào)物(wù)产(chǎn)生(shēng)抗(kàng)药(yào)性(xìng)的(de)工(gōng)作(zuò)变(biàn)得(de)复(fù)杂(zá)起(qǐ)来(lái)。对(duì)于(yú)目(mù)前(qián)在(zài)马(mǎ)萨(sà)诸(zhū)塞(sāi)州(zhōu)剑(jiàn)桥(qiáo)哈(hā)佛(fú)大(dà)学(xué)(Harvard University)的(de)Buenrostro来(lái)说(shuō),这(zhè)意(yì)味(wèi)着(zhe)“所(suǒ)有(yǒu)这(zhè)些(xiē)‘雪(xuě)花(huā)’实(shí)际(jì)上(shàng)都(dōu)很(hěn)重(zhòng)要(yào)”。
尽(jǐn)管(guǎn)它(tā)们(men)具有个体性,但将相似的细胞归为一组是有实际原因的。中国科学院北京基因组研究所的生物信息学家张章提醒,定义细胞类型对于理解新的生物现象、阐明潜在机制和确定治疗靶点至关重要。
目前,构建细胞巨型图谱的项目正在产生大量数据和对疾病的各种洞察。自2010年代中期以来,科学家在细胞分类上严重依赖单细胞RNA测序。这是一种识别每个细胞基因活性的技术,用于将具有相似特征的细胞分组。2016年启动的跨国合作项目“人类细胞图谱”(Human Cell Atlas)已经分析了来自11000多人的9000多万个细胞(bāo),正(zhèng)在(zài)努力建立18个不同的图谱,并发表了440多项研究。
但在这一进展的背后,隐藏着一个看似简单的问题:究竟该如何定义细胞类型?
华盛顿州西雅图艾伦脑科学(xué)研(yán)究(jiū)所(Allen Institute for Brain Science)所长、神经科学家Hongkui Zeng表示,细胞类(lèi)型(xíng)是(shì)一组彼此相似但与其他细胞组不同的细胞。但即使是这样的定义也留下了很大的解释空间:如何定义相似?在哪些方面不同?
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