【技术速递】威胁性突变：研究人员确定了可能逃避细胞免疫反应的 COVID-19 变体

许多现有的SARS-CoV-2毒株，以及未来可能出现的其他变体，有可能在部分人群中逃脱免疫系统的细胞毒性 T 细胞反应。这是西班牙卡洛斯三世健康研究所的 Antonio Martín-Galiano 及其同事于 2025年 2 月 10^日在PLOS 计算生物学(xué)上发表的一项新建模研究的结论。

人类的 T 细(xì)胞(bāo)反应是由 HLA 分子遗传编码的——这意味着不同的个体具有不同的 HLA，它们被编程为根据病原体的不同部分或“表位”识别入侵的病原体。由于人群中有数千种不同的 HLA 分子和任何给定病毒中的数千种可能的表位，因此对每个人类 HLA 等位基因对每种病毒变体的免疫反应的实验评估是不可行的。然而，计算方法可以促进这项任务。

在(zài)这(zhè)项(xiàng)新(xīn)研(yán)究中，研究人员首先确定了来(lái)自(zì)中(zhōng)国(guó)武(wǔ)汉(hàn)的(de) SARS-CoV-2 原(yuán)始(shǐ)参(cān)考(kǎo)株(zhū)的(de)全套(tào)表(biǎo)位(wèi)。该(gāi)团(tuán)队(duì)发(fā)现(xiàn)了(le) 1,222 个(gè)与(yǔ)主要(yào) HLA 亚(yà)型(xíng)相(xiāng)关的(de) SARS-CoV-2 表(biǎo)位(wèi)，覆(fù)盖(gài)了(le)约(yuē) 90% 的(de)人(rén)口(kǒu)；基(jī)于(yú)这(zhè) 1,222 个(gè)表(biǎo)位(wèi)，每(měi) 10 人(rén)中(zhōng)至(zhì)少(shǎo)有(yǒu) 9 人(rén)可(kě)以(yǐ)对(duì)COVID-19发起 T 细胞反应。

世(shì)界(jiè)地(de)图(tú)表(biǎo)明(míng)存(cún)在(zài)携(xié)带(dài) A*74 家(jiā)族(zú)等(děng)位(wèi)基(jī)因(yīn)的(de)群(qún)体(tǐ)样(yàng)本(běn)以(yǐ)及(jí)这(zhè)些(xiē)家(jiā)族(zú)具(jù)有(yǒu)逃(táo)逸(yì)突(tū)变(biàn)的(de)分(fēn)离(lí)物(wù)（绿(lǜ)色(sè)圆(yuán)圈(quān)）。图(tú)片(piàn)来(lái)源(yuán)：Foix A 等(děng)人，2025，PLOS 计算生物学，CC-BY 4.0

然后，研究人员通过计算分析了国家生物技术信息中心 (NCBI) 数据集中描述的来自世界各地的 118,000 种不同的 SARS-CoV-2 分离株中的任何一种是否在这些表位中发生突变。他们表明，47% 的表位在至少一种现有分离物中发生了突变。在某些情况下，现有分离株在多个表位区域发生突变，但累积突变从未影响任何给定 HLA 等位基因类型超过 15% 的表位。当研究小组分析易感等位基因及其各自逃逸分离物的地理起源时，研究小组发现它们在一些地理区域共存——包括撒哈拉以南非洲和东亚和东南亚——这表明对细胞毒性 T 细胞反应的潜在遗传(chuán)压(yā)力(lì)在(zài)这些领域。

作者说：“独立分离株中这些变化的积累仍然太低，不足以威胁到全球人口。” “我们的方案已经确定了可能与特定人群相关的突变，并需要进行更深入的监测。”

然(rán)而(ér)，Martín-Galiano 指出，“未被注意到的 SARS-CoV-2 突变”可能在未来“威胁到人类亚群的细胞毒性 T 反应”。

参考文献：Anna Foix、Daniel López、Francisco Díez-Fuertes、 Michael J. McConnell 和 Antonio J. Martín-Galiano撰写的“病毒突变景观对 SARS-CoV-2 细胞毒性反应的预测影响”， 2025 年 2 月 10 日，公共科学图书馆计算生物学。
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009726

资金：这项研究得到了 ISCIII 的 Acción Estratégica en Salud 的支持，授予 MPY 380/18（给 MJM）、388/18（给 DL）和 509/19（给 AJM-G）。AJM-G 获得了 ISCIII 的 Miguel Servet 合同。资助者在研究设计、数据收集和分析、发表决定或手稿准备方面没有任何作用。