蛋白质设计竞赛旨在从天马行空的设想中筛选出具有功能的蛋白质,但研究人员希望真正的大奖是该领域的一场革命。
8月中旬的一个周六上午,Alex Naka在女友的厨房里开始了一场他称之为“小型黑客马拉松”的活动。在笔记(jì)本(běn)电(diàn)脑(nǎo)、咖啡和大约80个云端人工智能(Artificial intelligence, AI)处理器的帮助下,他生成了数十种经过计算机工程设计的蛋白质,旨在阻断某些肿瘤中发生突变的细胞受体。
Naka平日里是加利福尼亚州阿拉米达一家医疗技术公司的蛋白质工程师,他将自己最有前途的十个作品提交给了一项新发起的蛋白质设计竞赛,并目睹了它们在排行榜上一路攀升。
该竞赛由位于瑞士洛桑的一家名为Adaptyv Bio的生物技术初创公司举办,是过去一年里涌现出的类似五项竞赛中的其一。参加竞赛的大多数人都在使用如阿尔法折叠(AlphaFold)和受聊天机器人启发的“蛋白质语言模型”等人气和功能上都呈爆炸式增长的AI工具。其中一些工具背后的三位研究人员凭借其努力斩获了今年的诺贝尔化学奖(Nobel Prize in Chemistry)。这些荣誉在一定程度上来自于人们希望这些新合成的蛋白质可以作为更有效的药物、工业酶或实验室试剂。
但科学家们表示,蛋白质设计的蓬勃发展在很大(dà)程(chéng)度(dù)上(shàng)也(yě)带(dài)来(lái)了(le)混(hùn)乱(luàn)。人(rén)们(men)创(chuàng)造(zào)这(zhè)些(xiē)蛋(dàn)白(bái)质(zhì)的(de)速(sù)度(dù)比(bǐ)实(shí)验(yàn)室(shì)制(zhì)造(zào)和(hé)测(cè)试(shì)的(de)速(sù)度(dù)更(gèng)快(kuài),因(yīn)此(cǐ)很(hěn)难(nán)判(pàn)断(duàn)哪(nǎ)些(xiē)方(fāng)法(fǎ)真(zhēn)正(zhèng)有(yǒu)效(xiào)。
竞(jìng)赛(sài)在过去推动了以蛋白质结构预测领域为代表的重要科学进步。最新一批竞赛通过降低准入门槛,吸引了来自世界各地的人们进入蛋白质设计相关领域。竞赛还能加快验证和标准制定的速度,或许有助于促进此领域的发展。西班牙巴塞罗那基因组调控中心(Centre for Genomic Regulation)的计算生物学家Noelia Ferruz Capapey表示,这将推动该领域的发展,并更快地测试方法。
但科学家们表示,竞赛必须克服如确定要解决哪些问题以及如何客观地选出获胜者等一些障碍。制定正确的方案非常重要。德国慕尼黑工业大学(Technical University of Munich)计算生物学家Burkhard Rost表示,如果执行不当,这些竞赛可能会对某个领域带来损害。
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